• Prévention ou limitation de la constipation 
• Soins locaux:  Chez les patients qui ont une fissure anale, des mesures locales simples sont à conseiller pour soulager la douleur:  toilette douce à l’eau sans savon après chaque selle puis séchage doux. 

• L'application locale d'une crème à base de lidocaïne et vaseline (30mg/g)$​​​​ ​​​sans cortisone avant la défécation et d’une pommade à l’oxyde de zinc après la défécation, est une option pragmatique, reposant sur des éléments de preuve anciens$​​​​$​​​​  ​​​​​​.
• Pour soulager la douleur liée à une fissure anale, l’application anale avant et après la défécation d’un anesthésique local tel que la lidocaïne est une option$​​. L’utilisation prolongée d’un anesthésique local expose à des allergies

• Lidocaïne crème vaseline
• Lidocaïne-Oxyde de zinc crème vaseline

• L’emploi local de diltiazem n’est pas plus efficace que le dinitrate d’isosorbide mais doit être moins souvent appliqué.  La fréquence des maux de tête semble être plus faible qu'avec le traitement à la nitroglycérine et coute moins cher$​​​​​. Son efficacité est, comme celle du dinitrate d’isosorbide, peu étayée$​​​​​$​​​​​.
• Si une pommade à base de vaseline et de lidocaïne (30 mg/g) n’entraine pas de guérison dans les 4 semaines,on un peut envisager du diltiazem local à 2%.

• Diltiazem local

La prise en charge chirurgicale est le traitement préférentiel dans les formes réfractaires des fissures anales$​​$​​$​​; elle est du ressort du spécialiste.

L’efficacité d’une application topique de dinitrate d’isosorbide est peu étayée$$​​​​​​​​​. La dose et la durée optimale de ce traitement en prévention des récidives, ne font pas l’unanimité. Un taux important de récidive est observé : 30% après six mois, 67% après deux ans. En raison de la fréquente survenue de céphalées, la préférence est donnée à l’utilisation de diltiazem à 2%.

Une pommade à base de nitroglycérine à 0,4% (Rectogesic®) à usage anorectal est proposée pour soulager les douleurs associées aux fissures anales chroniques [voir Folia oktober 2007]. D’après une revue de Cochrane Database Syst Rev 2012; 2 Art. No.:CD003431 (doi:10.1002/14651858.CD003431.pub3.)] sur le traitement non chirurgical des fissures anales, le traitement par la pommade à base de nitroglycérine (0,2 à 0,4%) entraîne une augmentation statistiquement significative- bien que faible- du taux de guérison des fissures anales par rapport au placebo (48,9% versus 35,5%). Dans les études comparatives, la pommade à base de dérivés nitrés semble avoir une efficacité comparable à celle du traitement local par la toxine botulique (indication non reprise dans le Résumé des Caractéristiques du Produit ou RCP) ou par un antagoniste du calcium (p.ex. diltiazem gel,en préparation magistrale à 2%). Les patients traités par des dérivés nitrés avaient un risque significativement accru de céphalées parfois sévères. Les auteurs de la revue de Cochrane concluent que l’efficacité des traitements médicamenteux en général est limitée dans la prise en charge des fissures anales chroniques; de plus, les récidives à l’arrêt du traitement sont fréquentes. Voir Folia janvier 2013.

Des injections de toxine botulinique semblent plus efficaces que l’application locale de nitroglycérine$​​​​​​​, bien que cette efficacité soit également remise en question$​​​​​​​$​​​​​​​. 
Le risque de rechute est considérable (42 %)$​​. Le coût de ces injections pose problème. Ce type de traitement est du ressort du spécialiste.